Испания, 1944 год. Среди горных лесов Наварры группа повстанцев ведет отчаянную борьбу против фашистского режима. В это неспокойное время юная Офелия, мечтательная десятилетняя девочка, прибывает вместе с беременной матерью Кармен в военный лагерь. Здесь командует ее новый отчим — капитан Видаль, безжалостный офицер армии Франко, готовый любой ценой уничтожить сопротивление в этом районе.
Одинокая и погруженная в мир сказок, Офелия находит поблизости древний заброшенный лабиринт. Ведомая таинственной феей, она проникает в его сердцевину, где встречает Фавна, хранителя подземного царства. Существо открывает ей удивительную тайну: Офелия — пропавшая принцесса волшебного королевства, которую все это время искал ее отец. Чтобы вернуться домой, ей предстоит выполнить три испытания до полнолуния, храня свою миссию в строжайшей тайне ото всех.